W styczniu 1986 roku po raz pierwszy wykryty został wirus, który infekował komputery kompatybilne z maszyną IBM PC. W tym celu "szkodnik" o nazwie Brain ukrywał się w sektorze starrtowym dyskietek DOS-a. Brain został napisany przez dwóch braci z Pakistanu, aby "chronić ich oprogramowanie medyczne przed naruszeniami prawa autorskiego" – takie wyjaśnienie podaje Wikipedia, cytując wywiad z braćmi udzielony dziennikowi "Timesa".

Prawie dwadzieścia lat później medialny gigant Sony BMG stworzył system ochrony przed kopiowaniem, który potajemnie zakradał się do systemu, na którym odtwarzany był chroniony przed powielaniem dysk CD. Aby ukryć się przed systemem i przed użytkownikami, wykorzystywał on metody charakterystyczne dla rootkitów. W konsekwencji tego różni spryciarze używali tej czapki niewidki, aby ukrywać się przed oprogramowaniem antywirusowym. Dziś programy posługujące się taką ochroną przed kopiowaniem są już oficjalnie klasyfikowane jako malware, a metoda jest powszechnie znana pod nazwą rootkit Sony.
 

Brain nie był jednak pierwszym wirusem komputerowym. Ten wątpliwy tytuł lidera przypisuje się Elk Clonerowi, który infekował sektor rozruchowy komputerów Apple II. Dziś prawie wszystkie "szkodliwe programy są pisane dla systemów z rodziny Windows. Zwykle wykradają dane z serwisów bankowości elektronicznej lub tworzą sieci botów wykorzystywanych do rozsyłania spamu i ataków DDoS. Nie są to już jednak klasyczne wirusy, które rozpowszechniają się drogą infekowania plików albo nośników danych. Tym niemniej pojęcie "wirus" na przestrzeni lat przekształciło się w ogólne pojęcie oznaczające "szkodniki" komputerowe wszelkiego rodzaju.

Z tego szeregu wyłamują się programy szpiegowskie, które polują na określone informacje albo osoby. Takie "szkodniki" są dopasowywane do wymagań każdej z platform i może to być równie dobrze GNU/Linux, jak i Mac OS X. Osobną kategorię stanowią także programy do sabotażu, np. Stuxnet.